根据主要职责，区审计局设5个内设机构：

  （一）办公室。负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作以及局机关金审工程、内部网络、会商系统、计算机设备和系统建设、管理、维护等工作。承担政务公开、后勤、保卫、综合治理、计划生育、退休人员服务等工作。负责机关和所属事业单位的人事管理、机构编制、劳动工资、教育培训、工青妇等工作。承担重要文稿的起草和审核有关工作，负责局党务、党风廉政建设、党组中心组理论学习和领导班子民主生活会具体事项。承担审计人员职业化建设。承担全区审计机关审计项目计划统筹，负责拟订全区统一组织的审计项目计划、审计工作的规划，督促检查全区审计项目计划实施情况。审定本级预算执行情况和其他财政收支情况的审计工作报告。牵头起草审计工作报告、年度工作总结、审计年鉴等业务文书。承担全区审计机关审计业务统计和分析、被审计单位资料库的建设等工作。承担审计成果的综合开发利用和向社会公告审计结果。负责组织局机关经费和所属事业单位预算决算草案编制，开展会计核算工作，建立健全财务、资产管理制度，办理经费的划拨。统筹协调经费筹措、使用和管理。负责资产的管理、使用、监督及政府采购工作。组织审计有关重大政策措施和宏观调控部署贯彻落实情况。承担区委审计委员会办公室日常工作。

  （二）法规审理股。负责起草有关规范性文件草案及制度、审计指南。审理有关审计业务事项，审核审计报告、审计决定、移送处理书等文书，监督审计执法行为。承担审计质量监督、检查和指导工作。组织核查社会审计机构对依法属于区审计局审计监督对象的单位出具的相关审计报告。承担有关行政复议和行政应诉等工作。开展法规咨询，组织实施全区审计普法工作。负责审计刊物征订和组织发行，开展审计宣传。

  （三）整改监督股。综合协调审计结果整改落实情况。依法检查审计决定执行情况，督促纠正和处理审计发现的问题。负责起草向区政府、区人大报送的关于审计工作报告中指出问题的整改情况报告。负责查办全区审计系统违纪案件、纠正行业不正之风，受理信访和审计人员廉政方面的举报、申诉，负责向同级纪检监察部门报告工作。对重大项目进行稽察，对本级预算执行情况和其他财政收支情况进行监督检查，履行国有企业监事会职责。

  （四）审计业务股。组织审计区本级财政预算执行和其他财政收支情况。组织审计区直行政、政法部门及区直事业单位、社会团体的预算执行情况、决算草案。组织审计区属国有金融机构、区政府规定的区属国有资本占控股或主导地位金融机构和上级审计机关授权的中央、省属、市属国有金融机构及所属的非金融企业的资产、负债和损益情况。组织审计国际组织和外国政府贷款、援助项目的财务收支。组织审计全区政府债务、隐性债务和其他相关债务。

组织审计区直相关单位管理的行政、政法、教科文卫体等专项资金。组织对上级审计机关授权的法院、检察院系统相关事项的审计。组织审计农业农村、扶贫开发以及其他相关公共资金和建设项目。指导和监督农村集体经济审计工作。组织对政府管理、相关部门管理和其他单位受区人民政府及其部门委托管理的社会保障基金、社会捐赠资金以及其他有关基金、资金的财务收支审计。

组织审计区人民政府投资和以区人民政府投资为主的建设项目以及其他关系到国家利益和公共利益的区属重大公共工程项目。组织审计区属国有企业和区人民政府规定的区属国有资本占控股或主导地位的企业的资产、负债和损益，组织审计区驻外非经营性机构的财务收支，依法通过适当方式组织审计区属国有企业的境外投资、运营和管理情况。

  （五）经济责任审计股。承担全区经济责任审计工作的协调、管理和业务指导工作。承担区经济责任审计联席会议有关工作。组织开展经济责任审计工作。组织开展领导干部自然资源资产离任审计以及自然资源管理、污染防治和生态保护与修复情况审计。组织审计镇（街道）办事处人民政府管理的资源能源和生态环境保护等专项资金。对区政府国有资产监督管理委员会的国有企业领导干部经济责任审计。